干细胞能治疗的疾病有很多，简单举例几项：

①血液系统疾病：主要是白血病，是临床应用较早也较为成熟的领域;

②神经系统疾病：如帕金森氏综合症、老年痴呆症、外伤性脑损伤、脊髓损伤、运动神经元病等;

③实质器官损伤或病变：如肝硬化及其并发症、肺及其他组织纤维化等;

④免疫系统疾病：主要是利用干细胞的免疫调控作用，如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等;

⑤心血管系统疾病：如心肌梗塞、血管病变、缺血性心脏病等;

⑥代谢性疾病：如糖尿病及其并发症等;

⑦骨关节疾病：如骨关节炎，股骨头坏死等;

⑧生殖系统疾病：如卵巢早衰、内分泌失调等
目前国内的干细胞治疗需在有细胞临床应用资质的细胞工程单位进行，一些三甲医院也有针对干细胞治疗的临床应用转化项目。