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干细胞治疗肝硬化的机制以往认为，干细胞治疗是通过干细胞分化成肝细胞样细胞替代受损的肝细胞来改善肝功能和恢复肝脏正常结构。但随着对干细胞治疗肝病机制的进一步了解，目前认为干细胞通过旁分泌机制改变组织微环境比向肝细胞样细胞的转分化更重要。例如，间充质可以通过旁分泌功能发挥局部效应，为肝脏提供营养和有利于增生修复的环境，促进受损肝脏增生及肝脏血管再生，抑制免疫细胞增殖及向肝脏迁移，调节肝脏及全身免疫炎症反应，从而减轻肝脏的损伤。

有临床研究表明，应用自体骨髓间充质干细胞治疗乙肝病毒导致的肝硬化，患者肝功能明显改善的同时，外周血中Treg、Th17细胞以及细胞因子TGF-β、IL-17、TNF-α、IL-6水平发生明显改变。这一结果提示了间充质干细胞具有调节免疫改善肝脏炎症环境的能力。总而言之，控制肝硬化的发展及恶化是预防肝癌的重要手段，而干细胞治疗或可能替代肝移植，实现受损肝脏的逆转修复。