自体干细胞，全部来自患者本人。可以降低副作用的风险。更快地整合新的血液和免疫系统细胞，无排斥反应，风险更低。

并且可以重复使用，使用效果叠加，临床效果更好。自体干细胞移植也可以避免相关的伦理争论。因为来源于自身，不作为药品流通，不影响公共利益，不违反国际伦理，合法合规，没有安全隐患。自体使用无交叉感染和免疫排斥。

缺点是培养困难，人体内干细胞的数量和活性会随着年龄的增长而下降。同种异体还具有独特的优势，如细胞活性高、量大、见效快。可用于治疗骨髓疾病患者，类似于自体干细胞的治疗效果。由于不需要从自身提取，可以随意使用，具有广谱优势，因此成为部分患者的选择之一。但它的缺点也很明显，相对不稳定，难免产生强弱不同的排斥。