鉴于疾病或者康复治疗大部分情况是针对特定组织器官的损伤修复，而各个组织器官都存在组织特异性干/祖细胞，因此理论上讲，不同的组织器官损伤选用不同组织来源的干细胞会具有更好的效果。但受到取材或者技术限制，目前还不能做到这一点。

人体的组织器官均主要有实质细胞和间质细胞组成，实质细胞的功能差异决定了组织器官的功能不同，而间质细胞具有普遍性，主要作用是营养和支持实质细胞。间质细胞的母细胞间充质干细胞，可以看作一类通用性干细胞，几乎可以从所有组织中分离获得，如脐带、胎盘、脂肪、骨髓、乳牙等，并且可以在体外培养和大量扩增。因此，在临床中得到更为广泛的应用。